یکی از دغدغه های همیشگی استاد مطهری اصلاح وضعیت حوزه های علمیه بود. ایشان از نخستین کسانی است که به آسیب شناسی حوزه های علمیه پرداخت و ضمن انتقاد از اوضاع جاری حوزه ها، پیشنهادات سازنده یی نیز مطرح می کرد. یکی از این طرح ها که هنوز هم جای تامل و بازنگری دارد تخصصی کردن فقه و تقسیم کار میان فقهاست. این پیشنهاد را ایشان در مقاله اجتهاد در اسلام (کتاب بحثی درباره مرجعیت و روحانیت است) چنین توضیح می دهند؛ «مرحوم حاج شیخ عبدالکریم یزدی (اعلی الله مقامه) فرموده اند و من پیشنهاد ایشان را عرض می کنم؛ ایشان گفته بودند؛ چه لزومی دارد که مردم در همه مسائل از یک نفر تقلید کنند؟ بهتر این است که قسمت های تخصصی در فقه قرار دهند، یعنی هر دسته یی بعد از آنکه یک دوره فقه عمومی را دیدند و اطلاع پیدا کردند، تخصص خود را در یک قسمت معین قرار دهند و مردم هم در همان قسمت تخصصی از آنها تقلید کنند.

این پیشنهاد بسیار پیشنهاد خوبی است و من اضافه می کنم که احتیاج به تقسیم کار در فقه و به وجود آمدن رشته های تخصصی در فقاهت از صدسال پیش به این طرف ضرورت پیدا کرده و در وضع موجود یا باید فقهای این زمان جلو رشد و تکامل فقه را بگیرند و متوقف سازند یا به این پیشنهاد تسلیم شوند.

یک زمانی بود که فقه بسیار محدود بود. وقتی به کتب فقهیه قبل از شیخ طوسی مراجعه می کنیم، می بینیم چقدر کوچک و محدود است. شیخ طوسی با نوشتن کتابی به نام «مبسوط» فقه را وارد مرحله جدیدی کرد و توسعه داد، و همچنین دوره به دوره در اثر مساعی علما و فقها و وارد شدن مسائل جدید و تحقیقات جدید، بر حجم فقه افزود شد تا آنجا که حدود صد سال پیش که صاحب جواهر موفق شد یک دوره فقه بنویسد، به زحمت توانست این کار را انجام دهد. بعد از صاحب جواهر مبانی فقهی جدیدی به وسیله شیخ مرتضی انصاری (اعلی الله مقامه) پی ریزی شد که نمونه اش کتاب مکاسب و کتاب «طهارت» آن مرحوم است. بعد از ایشان در مخیله کسی هم خطور نمی کند که یک دوره فقه با این شرح و تحقیق تالیف یا تدریس کند.